Микроорганизмите, наречени "анаеробни", са специална група микроорганизми, които не могат да извършват повечето биохимични процеси без кислород. Те живеят в почвата, където няма достатъчно кислород за хранене на аеробни организми. Тези организми са известни също като анаеробни бактерии или метаногени.
Анаеробните бактерии използват кислород, когато е наличен, но когато кислородът не е наличен, те се обръщат към други източници на енергия. Един такъв източник е глюкозата, която се превръща в етанол и след това във въглероден диоксид и вода. Анаеробните бактерии използват и други органични вещества като въглехидрати и липиди.
Метанът често може да се произвежда от анаеробни бактерии в аноксични условия. Този метан има ясно изразена неприятна миризма и се намира в много слоеве на Земята, от повърхностните до по-дълбоките слоеве. Наличието на метан в големи количества намалява съдържанието на кислород в атмосферата