Nachdem die Nahrung verdaut wurde, muss sie über das Epithel des Verdauungstrakts in den Körper aufgenommen werden. Die Resorption erfolgt hauptsächlich im Dünndarm, insbesondere in dessen unteren Teilen. Wasser wird im Dickdarm aufgenommen, fast alle Mineralien und organischen Stoffe werden jedoch über die Dünndarmwand aufgenommen.
Die Darmschleimhaut bildet viele Falten; Dadurch wird die Saugfläche vergrößert und dadurch die Absorption beschleunigt. Darüber hinaus ist die Innenseite dieser Falten mit unzähligen fingerartigen Vorsprüngen, sogenannten Darmzotten, bedeckt, die jeweils ein Netzwerk aus Blutkapillaren und eine in der Mitte verlaufende Lymphkapillare enthalten. Die Absorption ist ein komplexer Prozess, der zum Teil eine einfache Diffusion von Substanzen aus der Darmhöhle durch Epithelzellen in das Blut oder die Lymphkapillaren beinhaltet.
Manche Stoffe werden absorbiert, obwohl ihr Gehalt im Blut höher ist als im Darm. Die Zellen, die den Darm auskleiden, müssen die Aufgabe übernehmen, diese Stoffe gegen einen Konzentrationsgradienten ins Blut zu „pumpen“. Dieser Vorgang ähnelt der Sekretion, bei der Zellen auch die Aufgabe übernehmen, Substanzen von einem Bereich in einen anderen zu transportieren.
Darmepithelzellen bilden eine semipermeable Membran, die den Durchgang einiger Substanzen wie Aminosäuren und Glukose ermöglicht, während sie den Durchgang anderer Substanzen wie unveränderter Proteinmoleküle und Stärke verhindert. Glukose und Aminosäuren werden in die Blutkapillaren aufgenommen und mit dem Pfortaderblut zur Leber geleitet, von wo aus sie anschließend an den Rest des Körpers verteilt werden.
Glycerin und Fettsäuren – Produkte der Fettverdauung – gelangen auf unterschiedliche Weise in das Gewebe. Gallensalze spielen eine wichtige Rolle bei der Erleichterung der Aufnahme von Fettsäuren, Monoglyceriden und Diglyceriden (Fetthydrolyseprodukte) und anderen fettlöslichen Substanzen, wie beispielsweise fettlöslichen Vitaminen. Während die Produkte der Lipidhydrolyse die Epithelzellen der Darmzotten passieren, werden daraus Fettmoleküle neu synthetisiert; Diese Moleküle sammeln sich zu winzigen Kugeln an, die in die Lymphkapillaren gelangen.
Der Inhalt der intestinalen Lymphgefäße gelangt schließlich in den großen Ductus thoracicus und von dort in das Blut, da dieser Gang in die linke Vena brachialis mündet. Auf diese Weise gelangt das Fett schließlich in den Blutkreislauf und wird im Körper verteilt, jedoch nicht auf dem gleichen direkten Weg wie Zucker und Aminosäuren.