Une fois les aliments digérés, ils doivent être absorbés par l’organisme par l’épithélium du tube digestif. L'absorption se produit principalement dans l'intestin grêle, en particulier dans ses parties inférieures. L’eau est absorbée dans le gros intestin, mais presque tous les minéraux et substances organiques sont absorbés par la paroi de l’intestin grêle.
La muqueuse intestinale forme de nombreux replis ; cela augmente la surface d'aspiration et accélère ainsi l'absorption. De plus, la surface interne de ces plis est recouverte d'innombrables projections en forme de doigts appelées villosités intestinales, dont chacune contient un réseau de capillaires sanguins et un capillaire lymphatique qui s'étend au milieu. L'absorption est un processus complexe, impliquant en partie la simple diffusion de substances de la cavité intestinale à travers les cellules épithéliales vers les capillaires sanguins ou lymphatiques.
Certaines substances sont absorbées, même si leur teneur dans le sang est plus élevée que dans les intestins. Les cellules qui tapissent l’intestin doivent « pomper » ces substances dans le sang selon un gradient de concentration. Ce processus est similaire à la sécrétion, dans laquelle les cellules effectuent également le travail de déplacement des substances d'une zone à une autre.
Les cellules épithéliales intestinales forment une membrane semi-perméable qui laisse passer certaines substances, telles que les acides aminés et le glucose, tout en empêchant le passage d’autres, telles que les molécules protéiques inchangées et l’amidon. Le glucose et les acides aminés sont absorbés dans les capillaires sanguins et envoyés avec le sang de la veine porte vers le foie, d'où ils sont ensuite distribués dans le reste du corps.
Le glycérol et les acides gras, produits de la digestion des graisses, pénètrent dans les tissus de manière différente. Les sels biliaires jouent un rôle important en facilitant l’absorption des acides gras, des monoglycérides et des diglycérides (produits d’hydrolyse des graisses) et d’autres substances liposolubles, telles que les vitamines liposolubles. Au fur et à mesure que les produits de l'hydrolyse des lipides traversent les cellules épithéliales des villosités intestinales, des molécules de graisse en sont resynthétisées ; ces molécules s'accumulent en minuscules boules qui pénètrent dans les capillaires lymphatiques.
Le contenu des vaisseaux lymphatiques intestinaux finit par pénétrer dans le grand canal thoracique et de là dans le sang, car ce canal débouche dans la veine brachiale gauche. De cette façon, la graisse entre finalement dans la circulation sanguine et est distribuée dans tout le corps, mais pas de la même manière directe que les sucres et les acides aminés.