Thức ăn sau khi được tiêu hóa phải được hấp thu vào cơ thể qua biểu mô của đường tiêu hóa. Sự hấp thu xảy ra chủ yếu ở ruột non, đặc biệt là ở phần dưới của nó. Nước được hấp thụ ở ruột già, nhưng hầu hết tất cả các khoáng chất và chất hữu cơ đều được hấp thụ qua thành ruột non.
Niêm mạc ruột có nhiều nếp gấp; điều này làm tăng bề mặt hút và do đó tăng tốc độ hấp thụ. Ngoài ra, bề mặt bên trong của các nếp gấp này được bao phủ bởi vô số hình lồi giống như ngón tay gọi là nhung mao ruột, mỗi nếp gấp này chứa một mạng lưới mao mạch máu và một mao mạch bạch huyết chạy ở giữa. Hấp thu là một quá trình phức tạp, một phần bao gồm sự khuếch tán đơn giản của các chất từ khoang ruột qua tế bào biểu mô vào máu hoặc mao mạch bạch huyết.
Một số chất được hấp thụ, mặc dù thực tế là hàm lượng của chúng trong máu cao hơn trong ruột. Các tế bào lót trong ruột phải thực hiện công việc “bơm” các chất này vào máu theo độ dốc nồng độ. Quá trình này tương tự như quá trình bài tiết, trong đó tế bào cũng thực hiện công việc vận chuyển các chất từ vùng này sang vùng khác.
Các tế bào biểu mô ruột tạo thành một màng bán thấm cho phép một số chất, chẳng hạn như axit amin và glucose, đi qua, đồng thời ngăn chặn sự đi qua của những chất khác, chẳng hạn như các phân tử protein không thay đổi và tinh bột. Glucose và axit amin được hấp thu vào các mao mạch máu và được đưa theo máu tĩnh mạch cửa đến gan, từ đó chúng được phân phối đến phần còn lại của cơ thể.
Glycerol và axit béo—sản phẩm của quá trình tiêu hóa chất béo—đi vào các mô theo một cách khác. Muối mật đóng vai trò quan trọng trong việc tạo điều kiện cho sự hấp thu các axit béo, monoglyceride và diglyceride (sản phẩm thủy phân chất béo) và các chất hòa tan trong lipid khác, chẳng hạn như vitamin tan trong chất béo. Khi các sản phẩm thủy phân lipid đi qua các tế bào biểu mô của nhung mao ruột, các phân tử chất béo sẽ được tái tổng hợp từ chúng; những phân tử này tích tụ thành những quả bóng nhỏ đi vào mao mạch bạch huyết.
Nội dung của các mạch bạch huyết ruột cuối cùng đi vào ống ngực lớn và từ đó vào máu, khi ống này mở vào tĩnh mạch cánh tay trái. Bằng cách này, chất béo cuối cùng sẽ đi vào máu và được phân phối khắp cơ thể, nhưng không theo cách trực tiếp như đường và axit amin.