Efter matsmältning måste den tas upp i kroppen genom epitelet i mag-tarmkanalen. Absorption sker främst i tunntarmen, särskilt i dess nedre delar. Vatten tas upp i tjocktarmen, men nästan alla mineraler och organiska ämnen tas upp genom tunntarmens vägg.
Tarmslemhinnan bildar många veck; detta ökar sugytan och påskyndar därmed absorptionen. Dessutom är den inre ytan av dessa veck täckt av otaliga fingerliknande utsprång som kallas tarmvilli, som var och en innehåller ett nätverk av blodkapillärer och en lymfkapillär som löper i mitten. Absorption är en komplex process som delvis innefattar enkel diffusion av ämnen från tarmhålan genom epitelceller till blodet eller lymfatiska kapillärerna.
Vissa ämnen tas upp, trots att deras innehåll i blodet är högre än i tarmarna. Cellerna som kantar tarmen måste göra jobbet med att "pumpa" dessa ämnen i blodet mot en koncentrationsgradient. Denna process liknar sekretion, där celler också gör arbetet med att flytta ämnen från ett område till ett annat.
Intestinala epitelceller bildar ett semipermeabelt membran som låter vissa ämnen, såsom aminosyror och glukos, passera igenom, samtidigt som de förhindrar passage av andra, såsom oförändrade proteinmolekyler och stärkelse. Glukos och aminosyror absorberas i blodkapillärerna och skickas med portalvenens blod till levern, varifrån de sedan distribueras till resten av kroppen.
Glycerol och fettsyror - produkter från fettsmältningen - kommer in i vävnaderna på ett annat sätt. Gallsalter spelar en viktig roll för att underlätta absorptionen av fettsyror, monoglycerider och diglycerider (fetthydrolysprodukter) och andra lipidlösliga ämnen, såsom fettlösliga vitaminer. När produkterna av lipidhydrolys passerar genom epitelcellerna i tarmvilli, återsyntetiseras fettmolekyler från dem; dessa molekyler ackumuleras till små bollar som kommer in i lymfkapillärerna.
Innehållet i tarmens lymfkärl kommer så småningom in i den stora bröstgången och därifrån i blodet, eftersom denna kanal mynnar ut i den vänstra brachialisvenen. På så sätt kommer fettet slutligen in i blodomloppet och distribueras i hela kroppen, men inte på samma direkta sätt som sockerarter och aminosyror.