Etter at maten er fordøyd, må den tas opp i kroppen gjennom epitelet i fordøyelseskanalen. Absorpsjon skjer hovedsakelig i tynntarmen, spesielt i dens nedre deler. Vann tas opp i tykktarmen, men nesten alle mineraler og organiske stoffer tas opp gjennom tynntarmens vegg.
Tarmslimhinnen danner mange folder; dette øker sugeflaten og øker dermed absorpsjonen. I tillegg er den indre overflaten av disse foldene dekket med utallige fingerlignende fremspring kalt intestinal villi, som hver inneholder et nettverk av blodkapillærer og en lymfatisk kapillær som løper i midten. Absorpsjon er en kompleks prosess, som delvis involverer enkel diffusjon av stoffer fra tarmhulen gjennom epitelceller inn i blodet eller lymfekapillærene.
Noen stoffer absorberes, til tross for at innholdet i blodet er høyere enn i tarmene. Cellene i tarmen må gjøre jobben med å "pumpe" disse stoffene inn i blodet mot en konsentrasjonsgradient. Denne prosessen ligner på sekresjon, der celler også utfører arbeidet med å flytte stoffer fra et område til et annet.
Intestinale epitelceller danner en semipermeabel membran som lar noen stoffer, som aminosyrer og glukose, passere gjennom, samtidig som de hindrer passasje av andre, for eksempel uendrede proteinmolekyler og stivelse. Glukose og aminosyrer tas opp i blodkapillærene og sendes med portveneblodet til leveren, hvorfra de deretter distribueres til resten av kroppen.
Glyserol og fettsyrer - produkter fra fettfordøyelsen - kommer inn i vevet på en annen måte. Gallesalter spiller en viktig rolle for å lette opptaket av fettsyrer, monoglyserider og diglyserider (fetthydrolyseprodukter) og andre lipidløselige stoffer, som fettløselige vitaminer. Når produktene av lipidhydrolyse passerer gjennom epitelcellene i tarmvilli, blir fettmolekyler resyntetisert fra dem; disse molekylene akkumuleres til små kuler som kommer inn i lymfekapillærene.
Innholdet i de intestinale lymfekarene kommer etter hvert inn i den store thoraxkanalen og derfra inn i blodet, ettersom denne kanalen munner ut i venstre brachialvene. På denne måten kommer fettet til slutt inn i blodet og fordeles i hele kroppen, men ikke på samme direkte måte som sukker og aminosyrer.