Peroksidaasi muuttaa vetyperoksidin vedeksi ja hapeksi sekä hydrolysoi peroksideja (hydroperoksideja). Tyypillisiä substraatteja peroksidaaseille ovat vetyperoksidi, perhydroli ja natriumhypokloriitti, mutta eri lähteissä nämä entsyymit voivat reagoida useiden muiden yhdisteiden (esimerkiksi superoksidianionin) kanssa. Siksi olisi oikeampaa kutsua peroksidaaseiksi koko ryhmää oksidoreduktaaseja, jotka katalysoivat peroksidien ja peroksidiyhdisteiden kokonaismuutoksia. P:n nimi johtuu peroksidaasientsyymiryhmien alkuperäisestä löydöstä. Peroksidaasijärjestelmien synteesi varmistaa proteiinin (hemi-, rauta-, mangaani-, kupari-, koboltti- tai molybdeenijäännökset) - entsymaattisen katalyytin, joka sijaitsee entsyymimolekyylin aktiivisessa keskustassa. Peroksidien tapauksessa happiatomit on kytketty kovalenttisilla sidoksilla; peroksidiyhdisteiden tapauksessa ne "sijoitetaan" happiatomin ja hydroksyyliryhmän atomin väliin. Yllä olevat orgaanisten yhdisteiden funktionaaliset ryhmät muodostuvat sekundääristen alkoholien hapettumisen seurauksena; hydrokinoni, joka muodostuu sekundaarisen alkoholin hapettumisen aikana, muuttuu rautaproteiinin vaikutuksesta punaiseksi liuottimeksi (väri voi olla punavioletti, punertavanruskea, kelta-vaaleanpunainen, GM-yucin, vihreä jne.). Värireagenssin muodostuminen on mahdollista hapetustuotteen - peroksidin tai perhydrolin - muodostumisen vuoksi. Kaksi hapen vastaanottajaryhmien atomiryhmää peroksidimolekyylissä ovat helposti saavutettavissa metallin hapettumista varten, ja lopulta, kun vesi poistetaan, ne voivat muuttua vedeksi ja happimolekyyliksi.