Stejně jako varlata jsou i vaječníky žlázami s vnitřní sekrecí a produkují nejen vajíčka pro reprodukci, ale také vylučují pohlavní hormony estrogeny a progestiny. Oba vaječníky a varlata se vyvíjejí z mezodermu, z genitálního hřebene umístěného na ventrální straně primární ledviny. Vaječníky jsou párové struktury ve tvaru fazole o délce asi 4 cm, přidržované na dorzální straně břišní dutiny mezenteriemi.
Vnější vrstvu každé z těchto žláz tvoří zárodečný epitel, ze kterého se vyvíjejí vajíčka, a vnitřní část tvoří vazivo a cévy. Přímo pod zárodečným epitelem leží silná vrstva kulovitých buněčných útvarů – folikulů, z nichž každý obsahuje vajíčko. V době narození je již několik set tisíc folikulů vytvořených ze zárodečného epitelu.
Některé z nich degenerují, ale většina zůstává nečinná až do puberty, kdy začíná proces růstu a vývoje. Každý měsíc se jeden nebo více folikulů začne zvětšovat a natahovat folikulární tekutinou, až nakonec vyčnívají nad povrch vaječníku a prasknou, čímž se uvolní vajíčko, které obsahují. Tento proces se nazývá ovulace.
Uvolněné vajíčko putuje kanálem zvaným vejcovod (vejcovod) do dělohy. Pokud se vajíčko setká se spermií a je oplodněno v horní části vejcovodu, nakonec se implantuje do stěny dělohy a začne se vyvíjet v embryo. Pokud nedojde k oplodnění, vajíčko degeneruje. Bez ohledu na to, zda dojde k oplodnění, buňky folikulu zbývající po jeho prasknutí během ovulace se rychle množí a vyplňují dutinu v místě bývalého folikulu. Protože tyto buňky mají žlutou barvu, výsledný útvar se nazývá žluté tělísko. Vzhledem k velikosti hrášku vyčnívá nad povrch vaječníku a je viditelný pouhým okem.
Pokud došlo k oplodnění, žluté tělísko zůstává po mnoho měsíců; jinak asi po dvou týdnech atrofuje a změní se na malou bílou skvrnu zjizvené tkáně. Hlavní ženský pohlavní hormon, 17β-estradiol, je produkován buňkami vystýlajícími dutinu každého folikulu. Tato látka způsobuje fyzické změny, ke kterým dochází u ženy během puberty: rozšíření pánve, vývoj mléčných žláz, růst dělohy a pochvy, vzhled pubického ochlupení, změny v zabarvení hlasu a nástup menstruace. . Druhý ženský pohlavní hormon, progesteron, je produkován v buňkách žlutého tělíska. Je nutné absolvovat každý menstruační cyklus, neboť dokončuje změny, ke kterým dochází v děloze pod vlivem estradiolu. Navíc umožňuje implantaci oplodněného vajíčka do stěny dělohy a stimuluje vývoj mléčných žláz v posledních měsících těhotenství.
Chemicky je progesteron příbuzný hormonům kůry nadledvin a předpokládá se, že vzniká jako meziprodukt při jejich syntéze, stejně jako při syntéze estradiolu a testosteronu. Mužské i ženské pohlavní hormony jsou produkovány u jedinců obou pohlaví; ve skutečnosti je jedním z nejbohatších zdrojů ženského pohlavního hormonu používaného pro praktické účely moč hřebců. Nedávno byly nalezeny ženské pohlavní hormony v palmovém oleji a v tkáních vrby Salix discolor. Jakou roli tam hrají, není známo.