Autolyse ist der Prozess der Zellzerstörung und der Freisetzung biologisch aktiver Substanzen daraus. Durch die Autolyse gelangen Nährstoffe in die Zelle und die Zelle wird verdaut. Es erfolgt die Synthese der notwendigen Enzyme, die für die Verdauung der eigenen Strukturen und Gewebe notwendig sind. Die Aufspaltung komplexer Verbindungen in einfachere wird als Autolyse bezeichnet. Die Zerstörung struktureller Elemente von Zellen führt zur Freisetzung von Substanzen, die für die Synthese neuer Substanzen notwendig sind. Sie werden Autoenzyme genannt.
Die Autolyse ist für das normale Funktionieren des Körpers und die Aufrechterhaltung seiner lebenswichtigen Funktionen notwendig.
In der Natur kommen Autolyseprozesse in den meisten lebenden Organismen vor, sind jedoch bei Pflanzen und Pilzen am stärksten ausgeprägt. Unter Autolyse versteht man auch die Zerkleinerung der Nahrung im menschlichen Magen, wobei Magenenzyme Nahrungsproteine in Aminosäuren zerlegen. Dieser Prozess sorgt dafür, dass der Körper Proteine aufnimmt.