Η αυτόλυση είναι η διαδικασία της καταστροφής των κυττάρων και η απελευθέρωση βιολογικά δραστικών ουσιών από αυτό. Ως αποτέλεσμα της αυτόλυσης, τα θρεπτικά συστατικά εισέρχονται στο κύτταρο και το κύτταρο χωνεύεται. Γίνεται η σύνθεση των απαραίτητων ενζύμων που είναι απαραίτητα για την πέψη των δικών του δομών και ιστών. Η διάσπαση των πολύπλοκων ενώσεων σε απλούστερες ονομάζεται αυτόλυση. Η καταστροφή των δομικών στοιχείων των κυττάρων οδηγεί στην απελευθέρωση ουσιών που είναι απαραίτητες για τη σύνθεση νέων. Ονομάζονται αυτοένζυμα.
Η αυτόλυση είναι απαραίτητη για τη φυσιολογική λειτουργία του σώματος και τη διατήρηση των ζωτικών λειτουργιών του.
Στη φύση, οι διαδικασίες αυτόλυσης συμβαίνουν στους περισσότερους ζωντανούς οργανισμούς, αλλά αναπτύσσονται περισσότερο στα φυτά και τους μύκητες. Η αυτόλυση αναφέρεται επίσης στην κοπή της τροφής στο ανθρώπινο στομάχι, όπου τα ένζυμα του στομάχου διασπούν τις πρωτεΐνες των τροφίμων σε αμινοξέα. Αυτή η διαδικασία διασφαλίζει ότι το σώμα απορροφά πρωτεΐνες.