Апофермените са ензими с отворена структура, т.е. не съдържат цинк, калций и магнезий.
Апоензимите са незрели (или неактивирани) ензими, които се образуват в резултат на клетъчна автолиза (лиза), както и по време на транслация. Апоензимите свободно преминават субстрата през мономерите на молекулата през голяма междина, докато ензимът на тази празнина предотвратява проникването в субстрата, взаимодействието се осъществява чрез стереоспецифична връзка
Основен